Förbundet består av fem lokalföreningar. Fler bildas allteftersom medlemmar i olika delar av landet börjar träffas och organisera sig. Till sin hjälp har de en förbundsstyrelse, som består av åtta ledamöter plus ordförande och vice ordförande. Styrelsen utses av ett årsmöte, bestående av representanter från lokalföreningarna, som hålls vartannat år. Nästa årsmöte kommer äga rum under våren 2010.

Unga Humanister har ett kansli som i dagsläget består av fyra personer.